Sejarah Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII) Cabang Surabaya Selatan berawal dari perkembangan kaderisasi PMII di lingkungan IAIN Sunan Ampel Surabaya. Sebelum berdiri sebagai cabang tersendiri, kader-kader PMII di IAIN Sunan Ampel berada dalam naungan Komisariat IAIN Sunan Ampel Cabang Surabaya. Pada masa itu, IAIN Sunan Ampel merupakan salah satu basis kader PMII yang besar dengan lima fakultas dan jumlah kader yang disebut mencapai sekitar seribu orang. Besarnya jumlah kader serta kebutuhan untuk mengembangkan proses kaderisasi secara lebih efektif kemudian mendorong munculnya gagasan untuk membangun struktur cabang tersendiri di wilayah tersebut.
Pada tahun 2000, sejumlah aktivis PMII IAIN Sunan Ampel menggagas pembentukan PMII Cabang Wonocolo. Gagasan tersebut muncul dari evaluasi terhadap kondisi kaderisasi dan dinamika internal PMII Cabang Surabaya. Beberapa tokoh yang terlibat dalam proses awal tersebut adalah Thoriqul Haq, Ali Musthofa, dan Bahar. Mereka kemudian mengupayakan pembentukan cabang baru sebagai ruang yang diharapkan mampu mengelola potensi kader IAIN Sunan Ampel secara lebih efektif. Setelah melalui proses pembahasan dan memperoleh persetujuan yang diperlukan, PMII Cabang Wonocolo dideklarasikan pada 18 November 2000 di Hotel Tunjungan Surabaya dengan Sahabat Ali Musthofa sebagai ketua cabang pertama.
Kelahiran Cabang Wonocolo menjadi titik penting karena sejak saat itu kaderisasi PMII di lingkungan IAIN Sunan Ampel memiliki ruang organisasi yang lebih mandiri. Struktur baru tersebut kemudian diarahkan untuk memperkuat proses kaderisasi di lingkungan kampus. Pada masa ini, pengembangan kader tidak hanya dilakukan melalui kegiatan formal, tetapi juga melalui hubungan yang erat antarkader, kajian, diskusi, dan aktivitas organisasi sehari-hari. Pola tersebut kemudian menjadi bagian dari kultur kaderisasi yang berkembang di lingkungan PMII Surabaya Selatan.
Perjalanan Cabang Wonocolo kemudian mengalami perubahan pada tahun 2003. Dalam Konferensi Cabang ke-4, nama PMII Cabang Wonocolo berubah menjadi PMII Cabang Surabaya Selatan. Perubahan tersebut dilakukan karena penggunaan nama Wonocolo dianggap terlalu spesifik sebagai nama kecamatan, sedangkan Surabaya Selatan memiliki cakupan wilayah yang lebih luas. Perubahan nama tersebut sekaligus menjadi langkah untuk memperluas jaringan dan memperkuat proses kaderisasi PMII di wilayah Surabaya Selatan.
Sejak menggunakan nama PMII Cabang Surabaya Selatan, proses kaderisasi berkembang semakin luas. Pada periode awal setelah perubahan nama, PMII Surabaya Selatan dikenal sebagai salah satu basis kaderisasi PMII yang aktif di lingkungan IAIN Sunan Ampel. Kaderisasi berlangsung melalui berbagai kegiatan, mulai dari proses penerimaan anggota baru, kajian rutin, diskusi, hingga aktivitas organisasi di lingkungan kampus. Hubungan antarkader juga menjadi salah satu kekuatan utama dalam menjaga keberlangsungan organisasi. Kedekatan antara senior dan kader baru menciptakan ikatan emosional yang memungkinkan proses kaderisasi berlangsung dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Perkembangan tersebut kemudian berjalan beriringan dengan perubahan IAIN Sunan Ampel menjadi UIN Sunan Ampel Surabaya. Perubahan status perguruan tinggi tersebut membawa perkembangan pada struktur fakultas dan munculnya bidang-bidang keilmuan baru. Kondisi ini memberikan tantangan sekaligus peluang baru bagi PMII Surabaya Selatan untuk memperluas basis kaderisasinya. Kaderisasi tidak lagi hanya berpusat pada fakultas-fakultas yang telah lama menjadi basis PMII, tetapi mulai menjangkau fakultas dan kelompok mahasiswa dengan latar belakang keilmuan yang semakin beragam.
Dalam perkembangan selanjutnya, PMII Surabaya Selatan membangun struktur kaderisasi melalui komisariat dan rayon. Salah satu perkembangan pentingnya adalah lahirnya Rayon Al-Fatih pada tahun 2013 sebagai wadah kader lintas fakultas. Al-Fatih kemudian berkembang menjadi Komisariat Al-Fatih pada tahun 2014. Perkembangan tersebut menunjukkan bahwa perubahan lingkungan akademik UIN Sunan Ampel turut memengaruhi pola kaderisasi PMII Surabaya Selatan. Selain Al-Fatih, berkembang pula Komisariat Tarbiyah sebagai salah satu basis kaderisasi utama di lingkungan cabang.
Dalam perjalanan berikutnya, PMII Surabaya Selatan terus mengalami pergantian kepemimpinan dan regenerasi. Setiap periode kepengurusan membawa tantangan dan karakter gerakannya masing-masing. Berdasarkan dokumentasi internal PMII Surabaya Selatan, kepemimpinan cabang berlangsung secara berkelanjutan dari Ali Musthofa pada periode 2000–2001, kemudian dilanjutkan oleh Habib Mustofa, Darus Salam, Wasit Mansur, Edi Affan Afandi, Syukron Dossy, Hisbullah Huda, Aminullah Muhammad, Mu'tasim Billah, Faul Huda, M. Shofil Mubarrid, Imam Solichun, Ahmad Jauhar Fikri, Fawaidul Makkiyah, Rudiyanto, Novan Bayu Aji, Alif Firdaus Ramadhan, hingga Ibnu Al Alim pada periode berikutnya. Pergantian kepemimpinan tersebut menjadi bagian dari proses regenerasi yang menjaga keberlangsungan organisasi dari generasi ke generasi.
Selain membangun struktur kaderisasi, PMII Surabaya Selatan juga mengembangkan identitas organisasinya. Salah satu bentuknya adalah logo PMII Surabaya Selatan yang dirancang pada periode kepengurusan 2018–2019 oleh Sahabat Robert Saifun Nawas dari Rayon Al-Farabi. Logo tersebut kemudian diresmikan pada 17 April 2019 bertepatan dengan peringatan Harlah PMII ke-59. Di dalamnya terdapat unsur Sura dan Baya yang dimaknai sebagai keberanian menghadapi bahaya, Tugu Pahlawan sebagai simbol perjuangan Surabaya, serta padi yang melingkar sebagai simbol keutuhan kader Surabaya Selatan tanpa membedakan status dan golongan.
Identitas PMII Surabaya Selatan juga dirumuskan melalui semboyan "Manhaj al-Fikr wa al-Harakah", yang menjadi landasan berpikir dan bergerak kader Surabaya Selatan. Semangat tersebut menempatkan kaderisasi bukan hanya sebagai proses pembentukan anggota organisasi, tetapi juga sebagai proses membangun kemampuan intelektual, spiritual, sosial, dan gerakan. Karena itu, tradisi membaca, berdiskusi, mengkaji persoalan sosial, serta mengambil peran di tengah masyarakat menjadi bagian penting dari perjalanan kaderisasi PMII Surabaya Selatan.
Dalam perjalanannya, PMII Surabaya Selatan juga menghadapi berbagai tantangan regenerasi. Perubahan pola kehidupan mahasiswa, perkembangan teknologi, perubahan lingkungan kampus, serta dinamika organisasi membuat pola kaderisasi harus terus menyesuaikan diri. Karena itu, keberlangsungan PMII Surabaya Selatan tidak hanya bergantung pada keberadaan struktur organisasi, tetapi juga pada kemampuan setiap generasi untuk menjaga hubungan antarkader, mengembangkan tradisi intelektual, dan menciptakan pola kaderisasi yang sesuai dengan perkembangan zaman.